シヴァ 三千界統合機関の機関長であり、創設者。
かつて「最初の八人」と戦い、桔梗院　恭耶によって“封印”されていたが、アリスハザードの影響で復活。
その名の通りシヴァのアバターを有し、万全の状態であれば
同じ三大神のアバターであるヴィシュヌ、ブラフマー以外に対抗できるものはないとされている。
過去の戦いで自らの聖具であるトリシューラを失っており、今は不完全な状態である。
それでも圧倒的な力を持つ超越者に変わりはない。

アヌビス／ロイ シヴァの相棒である寡黙な男。
エジプト神話における冥界の神アヌビスのアバターを有し、“死”を視る能力を持つ。
神のアバターの中で最も強力と言われるインド神話系でないが、破格の力を持つことに変わりはない。
しかし本人はアバターの副作用のこともあり、疎んですらいる。
武器やアバターの能力を使うことを良しとせず、“本気”を出す時は己の肉体のみで戦う生粋の武闘派。

アグニ／トラヴィス・フューリー 三千界統合機関の機関長代行。シヴァ不在の間、機関を纏めていた青年。
三千界の異変の実質的な黒幕であり、様々な世界に火種を撒いて回っていた。
超越者復活のためにアリスハザードが起こるよう仕向けたのも彼。
アグニのアバターを有するが、彼がその力を使うことはなかった。

アルテラの王剣戦争で元素の王と特異者たちと戦うも敗れ、その存在は完全に消滅した。
しかし、彼の影響を受けた者は特異者・非特異者関わらず未だ様々な世界に存在している。

アンリ・マンユ／タイル・影山 三千界統合機関の幹部の一人。
地球第一主義者で、地球を守るためなら、影響のある世界を躊躇なく排除する正義感の持ち主。
その一方で、トラヴィスやシヴァといった機関の上の人間と同等の“超越者”の力を得ようと、
配下の竹中直子や吉田規夫を各世界に派遣して、神アバターやユニークアバターの研究を行っていた。
また、自身もＲＷＯでレプリカントを操る研究を行ったり、ＲＷＯの世界そのものを操る研究を進めたりするなど上昇志向が強い。
アンリ・マンユをはじめ、ゾロアスター教系の神アバターを複数所有しているらしいが、現在は行方不明となっている。

アジ・ダハーカ／竹中　直子 三千界統合機関のメンバーの一人で、タイル・影山の部下。
成績優秀・スポーツ万能の学生だったが、どんなに努力しても一位になれず、
万年二位を甘んじておりコンプレックスになっていた。
その才をタイル・影山に見出されて特異者に覚醒し、千国に送り込まれ、
覇王候補の英傑に軍師として近づいて千国統一の直前まで行かせて殺す、を繰り返してきた。
そのため千国は、初代覇王以降直子によって統一を阻止され、世界そのものが疲弊していた。
直子の毒牙にかからなかったのは、織田信長とガイウス・ユリウス・カエサルの二人のみ。
軍師肌だが、剣術を修めるなど文武両道である。
神アバターアジ・ダハーカを所有している。

アエーシュマ／吉田　規夫 三千界統合機関のメンバーの一人で、タイル・影山の部下。
神多品学園都市の管理を任されている山田健司に特異者としての資質を見出されたが、
タイル・影山が教育を引き受けてそのまま彼の部下になった。
外見にコンプレックスを持っており、それが引き金となって神多品学園都市を滅ぼそうと画策していた。
また、タイル・影山の「神アバターを各世界で適応させる研究」を進めており、
各世界に自身のパートナーを派遣して特異者たちのアバターの研究を行っていた。
神多品学園都市で特異者たちに倒されたが、そのクローン体がユーラメリカに存在している。
神アバター・アエーシュマを所有していたが、現在も所有しているかは不明である。
特異者に覚醒した際、「体重1kgにつき1秒時を止める」超能力に目覚めたが、
一度使用すると体重が激減するため、いつでも使用できるよう常に食べて太るようにしている。

山本　大國 境屋の屋号を狙っている男。
元々は彼について回って「世界を跨ぐ商人」としてのノウハウを学んでいた。
ただ、境屋から弟子と認識されていなかった。
大黒天のアバターを有し、境屋曰く「委員会の幹部と同等」の強さはあるらしい。

アバターの可能性を追求しており、テルスをはじめとした様々な世界に干渉しているが、
現在は委員会、統合機関いずれにも属していない。